農村征地補償糾紛以土地承包經營權糾紛為案由立案，土地補償款糾紛適用訴訟時效，訴訟時效是六個月。當事人對補償款或者征地方案有異議，行政行為損害到自身的合法權益時，可以提起行政訴訟或者復議。復議。

　　一、農村征地補償糾紛以什么案由立案

　　農村征地補償款糾紛應該以土地承包經營權糾紛或是農村土地承包合同糾紛為案由立案。

　　土地承包經營權糾紛，在其項下又分為土地承包經營權確認糾紛和承包地征收補償費用分配糾紛四級案由，前述８種類型的矛盾糾紛的前７種即確定為此類案由。

　　村土地承包合同糾紛，在其項下又分為土地承包經營權轉包合同糾紛、土地承包經營權轉讓合同糾紛、土地承包經營權互換合同糾紛等５種四級案由。

　　二、補償款糾紛適用訴訟時效規定嗎

　　補償款糾紛適用訴訟時效是六個月，我國法律規定，公民、法人或者其他組織直接向人民法院提起訴訟的，應當自知道或者應當知道作出行政行為之日起六個月內提出。法律另有規定的除外。

　　北京圣運律師提醒，因不動產提起訴訟的案件自行政行為作出之日起超過二十年，其他案件自行政行為作出之日起超過五年提起訴訟的，人民法院不予受理。

　　三、怎樣處理農村房屋拆遷補償糾紛

　　農村拆遷補償款糾紛處理方式如下：當事人首先可以申請行政復議,也可以依法提起行政訴訟。我國法律規定,被征收人對市、縣級人民政府作出的房屋征收決定不服的,可以依法申請行政復議,也可以依法提起行政訴訟。

　　《國有土地上房屋征收與補償條例》

　　第十四條， 被征收人對市、縣級人民政府作出的房屋征收決定不服的,可以依法申請行政復議,也可以依法提起行政訴訟。

　　第十六條 ，房屋征收范圍確定后,不得在房屋征收范圍內實施新建、擴建、改建房屋和改變房屋用途等不當增加補償費用的行為;違反規定實施的,不予補償。

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來源：臨律-農村征地補償糾紛以什么案由立案以及適用訴訟時效嗎，補償款糾紛適用訴訟時效規定嗎